JSA（JAPAN SECRET AGENT）の女スパイ03は、JSAの新人が訓練を受けたり引退したベテランスパイが教官として余生をすごしている村、津田村から突然村人が消えた事件についての捜査を依頼される。人っ子一人いなくなった村を見回る03。03は、見回りながら不穏な気配に気がついていた。露天風呂で汗を流していた03の背後に忍び寄る黒い影。なんと、不気味な忍者集団が襲ってきたのだ！その場はなんとか逃れる03だったが、敢えて探し回る忍者たちの前に姿を現す。そして、忍者集団を一蹴する03の前に現れたのは、上級忍者の集団だった。上級忍者たちの怪しい忍術に苦戦する03だったが、多勢に無勢でついに捕らえられてしまう。そこに現れたのは、悪の忍者のボス陽炎だった。03は、激しい拷問にかけられるも必死に耐える。だがその後、思いもかけない展開で女スパイ03に絶体絶命の時が迫るのだった…［BAD END］